俗话说，是药三分毒。儿童特别是婴幼儿由于其生理结构和功能发育的不完善，更容易受到环境中抗生素的不良影响。抗生素滥用对孩子的危害远远大于成人。
人类与生俱来就有一套完美的防御系统，那就是免疫力，帮助人体抵抗外来的入侵者。如果为了预防感染而给孩子过多使用抗生素，反而会弄巧成拙，可能改变免疫功能和神经系统。
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易致肝肾受损
很多抗生素都是通过肝脏和肾脏代谢的，在其代谢过程中已经对肝、肾器官产生损害，而孩子体内的各种器官尚未发育成熟，更容易遭到抗生素的残害或潜在的残害，首当其冲就是肝、肾两个器官。
另外，庆大霉素、丁胺卡那等容易造成儿童耳聋，环丙沙星等对孩子软骨有潜在损害，氯霉素则可导致骨髓抑制和儿童灰色综合征。
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造成二重感染
如果在病毒感染早期，大量应用抗生素也可使体内菌群失调，有利于病毒繁殖，出现抗生素相关性腹泻，加重患儿病情;
还会增加小孩对药物的过敏反应，导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病。
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过早用抗生素会增加幼儿患哮喘风险
许多研究证实，新生儿期和婴儿期应用抗生素可导致肠道菌群的改变，增加哮喘的发病风险。2011年1月，挪威科技大学公布的一份研究报告说，如果孩子在胎儿时期接触过抗生素，或者在出生后不久接受过抗生素治疗，那么他们日后患哮喘的风险可能增加。
研究人员指出，孩子过早接触抗生素有可能造成其肠道有益菌群被破坏，导致形成不成熟的免疫系统，引发过敏反应，从而提高患哮喘的风险。
2012年3月，加拿大不列颠哥伦比亚大学研究人员发表的一份研究报告显示，儿童使用抗生素可能会增加他们过敏性哮喘的发病率和严重程度。
研究人员在新生和成年小鼠身上分别使用链霉素和万古霉素这两种抗生素。他们观察后发现，链霉素对新生小鼠没有太大的副作用，但万古霉素却导致它们出现肠道菌群失调并患上严重的哮喘。相比而言，成年小鼠没有出现任何症状。
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出现耐药性
大量使用抗生素无疑是对致病菌抗药能力的锻炼，在绝大多数普通细菌被杀灭的同时，原先并不占优势的具有抗药性的致病菌却存留了下来，并大量繁衍。
而且由于药物长期，使一部分致病菌产生变异、成为耐药菌株。如果细菌出现耐药性，一旦生病，就会用更多的抗生素对抗致病菌，致病菌为了抵抗抗生素就会加速基因变异。
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大环内酯类抗生素增加儿童哮喘和超重风险
2016年1月，《自然-通讯》上发布的一项研究，芬兰、荷兰和德国的研究人员收集了142名2岁至7岁芬兰儿童的抗生素使用记录，并检测他们粪便样本中的肠道菌群。
结果发现，大环内酯类抗生素会影响这些儿童的肠道菌群，扰乱儿童免疫系统，使其患哮喘等疾病的风险升高。另外，大环内酯类抗生素的总体使用量越大，儿童的身体质量指数(BMI)就越大，体重超重的风险也就越大。
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可致营养不良
抗生素会影响肠道菌群，导致肠道内益生菌减少，会导致一些肠道疾病，影响营养的吸收，导致营养不良。
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缺乏维生素K
因为维生素K是人体肠道益生菌合成，受抗生素的影响肠道内益生菌减少，所以维生素K也就随之减少。
维生素K是凝血因子，其缺乏会导致易出血以及出血不止情况出现。
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早期过度使用抗生素，增加儿童1型糖尿病风险
抗菌药物在婴幼儿人群中的使用相当普遍，有研究显示抗生素的使用破坏了肠道正常菌群，增加了儿童1型糖尿病的发生风险。肠道菌群失调和菌群多样性的破坏也与T1DM的发生有关。
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破坏儿童免疫力
抗生素杀死细菌的原理主要是通过模仿细菌所需营养成分的结构，让细菌吃掉抗生素，使其不能再获得其他营养，最后把细菌饿死。
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2岁前抗生素的使用会增加儿童肥胖风险
2016年7月发表于《Gastroenterology》上的一项回顾性队列研究中，对2岁前抗生素暴露和4岁时肥胖之间的联系进行了评估。
这项研究的最终的结论是，2岁之前接受3个或更多疗程的抗生素治疗与早期儿童肥胖的风险增加有关。
