| 数理科学 |
2015-03-19 08:51 |
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近年来，家养动物线粒体DNA（mtDNA）基因组学得到了迅速发展，积累了大量的mtDNA序列数据。与此同时，一些问题随之浮现出来。除了数据质量存在缺陷（Shi, et al. 2014. Mol Ecol）之外，mtDNA世系划分标准不一，世系命名混乱的问题也已开始干扰家养动物mtDNA的研究工作。
为了系统解决这些问题，中国科学院昆明动物研究所研究员、中科院院士张亚平学科组与生命条形*****南方中心王文智开展了合作。借鉴人类mtDNA研究的先进经验，彭旻晟、樊隆、史妮妮等研究人员运用构建mtDNA单倍型类群树（haplogroup tree）的方法重建了8种家养动物（家犬、家牛、牦牛、家猪、马、山羊、绵羊和家鸡）的系统发育关系（phylogeny），此结果作为在线资源DomeTree（http://www.dometree.org）发布，这将为今后的家养动物mtDNA研究提供统一的参考标准。同时，研究人员还开发了相应的数据分析软件MitoToolPy（http://www.mitotool.org/mp.html），可提供突变信息输出、单倍型类群划分、序列质量问题判断等功能。DomeTree和MitoToolPy将通过定期在线更新升级以整合之后发表的mtDNA基因组数据，并有望囊括更多的家养动物种类。
相关研究结果在线发表于国际刊物《分子生态学资源》（Molecular Ecology Resources）。（来源：中科院昆明动物研究所）
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